รัฐบาลไทยได้เห็นชอบให้กระทรวงการต่างประเทศจัดตั้งสถานกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้ขึ้นในปี 2539 

                    เนื่องจากเห็นว่านครเซี่ยงไฮ้เป็นมหานครที่มีศักยภาพทางเศรษฐกิจสำคัญของจีนที่ควรขยายความร่วมมือให้ใกล้ชิดยิ่งขึ้น สถานกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้ นับเป็นสำนักงานคณะผู้แทนไทยแห่งที่ห้าของไทยในสาธารณรัฐประชาชนจีน หลังการจัดตั้งสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงปักกิ่ง สถานกงสุลใหญ่ ณ นครกวางโจว สถานกงสุลใหญ่ ณ เมืองฮ่องกง และสถานกงสุลใหญ่ ณ นครคุนหมิง และเป็นสถานกงสุลใหญ่ต่างประเทศลำดับที่ 30 ที่จัดตั้งขึ้นในนครเซี่ยงไฮ้

                    สถานกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้ มีเขตอาณาครอบคลุมมหานครเซี่ยงไฮ้ และ 3 มณฑลทางภาคตะวันออกของจีน ได้แก่ มณฑลเจ้อเจียง มณฑลเจียงซู และมณฑลอันฮุย ซึ่งล้วนแต่เป็นมณฑล ที่มีศักยภาพทางเศรษฐกิจ มีอัตราการขยายตัวทางเศรษฐกิจสูงที่สุดแห่งหนึ่งในประเทศจีน นับว่าเป็นเขตมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อพัฒนาการทางเศรษฐกิจของจีน

                    กระทรวงการต่างประเทศได้จัดส่งคณะผู้แทนไทยคณะแรกมาปฏิบัติงานที่นครเซี่ยงไฮ้ โดยนายศรศิลป์ พลเตชา อัครราชทูต ณ กรุงปักกิ่ง มาดำรงตำแหน่งกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้ ท่านแรก พร้อมข้าราชการจากกระทรวงการต่างประเทศ รวม 6 คน สถานกงสุลใหญ่ฯ ได้มีพิธีเปิดสำนักงานอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 เมษายน 2540 โดย ฯพณฯ พลเอกชวลิต ยงใจยุทธ นายกรัฐมนตรี ในขณะนั้น เป็นประธานในพิธีเปิด โดยได้มีการจัดตั้งสำนักงานส่งเสริมการค้าระหว่างประเทศขึ้นพร้อมกันด้วย

                    อาคารสำนักงานแห่งแรกตั้งอยู่ที่ ชั้น 3 ของอาคารเลขที่ 7 ถนนจงซานตะวันออก ซึ่งเป็นอาคารประวัติศาสตร์ในย่านไว่ทัน (Wai Tan) หรือ The Bund ริมแม่น้ำหวงผู่ อาคารนี้เป็นอาคารเก่าแก่ ซึ่งธนาคารกรุงเทพเช่าจากทางการเซี่ยงไฮ้เป็นเวลา 30 ปี เป็นบริเวณที่มีทัศนียภาพสวยงามและมีชื่อเสียงที่สุดแห่งหนึ่งในนครเซี่ยงไฮ้

                    อาคารสถานกงสุลใหญ่แห่งแรก ชั้น 3 ของอาคารหมายเลข 7 ถนนจงซานตะวันออก

                    หลังจากที่ได้เปิดสถานกงสุลใหญ่ฯ ณ นครเซี่ยงไฮ้ ต่อมา ในปี 2544 ได้เปิดสำนักงานส่งเสริมการค้าระหว่างประเทศขึ้นอีกครั้ง (หลังจากได้ปิดตัวไปชั่วคราวในช่วงที่เกิดวิกฤตการณ์ทางเศรษฐกิจในประเทศไทย) เพื่อรองรับภารกิจทางด้านการค้าระหว่างไทย-จีน ที่ขยายตัวเพิ่มขึ้นอย่างมาก ต่อมา ในปี 2546 ได้เปิดสำนักงานเศรษฐกิจการลงทุน เนื่องจากเล็งเห็นถึงศักยภาพทางด้านการลงทุนของนักธุรกิจจีนโดยการชักชวนนักลงทุนชาวจีนไปลงทุนในประเทศไทย ล่าสุด ด้วยศักยภาพทางเศรษฐกิจของประชากรของมหานครเซี่ยงไฮ้ รัฐบาลไทยได้เห็นชอบให้การท่องเที่ยวแห่งประเทศไทยเปิดสำนักงานการท่องเที่ยวแห่งประเทศไทยประจำนครเซี่ยงไฮ้อย่างเป็นทางการขึ้น เมื่อเดือนสิงหาคม 2552 เพื่อให้สามารถดำเนินกิจกรรมส่งเสริมนักท่องเที่ยวชาวจีนไปท่องเที่ยวในประเทศไทยได้อย่างต่อเนื่องและเพิ่มมากขึ้น

                    ที่ทำการ สกญ. แห่งที่ 2 ชั้น 15 เลขที่ 15  Weihai Road 

                    เมื่อปี 2551 สถานกงสุลใหญ่ฯ ได้ย้ายที่ทำการไปยังชั้น ๑๕ อาคาร Crystal Century Tower เลขที่ 567ถนนเวยไห่ เขตจิ้งอัน และเมื่อเดือนสิงหาคม 2552 ด้วยศักยภาพทางเศรษฐกิจของประชากรของมหานครเซี่ยงไฮ้ รัฐบาลไทยได้เห็นชอบให้การท่องเที่ยวแห่งประเทศไทยเปิดสำนักงานการท่องเที่ยวแห่งประเทศไทยประจำนครเซี่ยงไฮ้อย่างเป็นทางการขึ้น เพื่อให้สามารถดำเนินกิจกรรมส่งเสริมนักท่องเที่ยวชาวจีนไปท่องเที่ยวในประเทศไทยได้อย่างต่อเนื่องและเพิ่มมากขึ้น

                    ที่ทำการ สกญ. ปัจจุบัน เลขที่ 18  Wanshan Road

                    สำหรับที่ทำการปัจจุบันของสถานกงสุลใหญ่ฯ ซึ่งเป็นที่ตั้งแห่งที่ 3 ตั้งอยู่ที่เลขที่ 18 ถนน Wanshan เขตฉางหนิง เมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2549 สถานกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้ ในนามของรัฐบาลไทยและบริษัท Shanghai Hongqiao Economic & Technological Development Zone ซึ่งเป็นหน่วยงานที่ได้รับมอบอำนาจจากเทศบาลนครเซี่ยงไฮ้ในการดูแลพัฒนาที่ดินเขตหงเฉียวได้ลงนามในสัญญาการเช่าซื้อที่ดิน 4,453 ตรม. (2 ไร่ 3 งาน 13.25 ตรว.) ระยะเวลา 70 ปี โดยมีพิธีวางศิลาฤกษ์เมื่อวันที่ 19 มีนาคม 2555 ซึ่งนายวิบูลย์ คูสกุล เอกอัครราชทูต ณ กรุงปักกิ่งในขณะนั้นเป็นประธาน และได้เริ่มการก่อสร้างเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม 2555

                    กระทรวงการต่างประเทศได้จัดจ้างบริษัท ดีไซน์+ดีเวลลอป จำกัด ออกแบบอาคาร ที่ทำการและบ้านพักกงสุลใหญ่ฯ อาคารที่ทำการเป็นอาคาร 3 ชั้นและที่จอดรถใต้ดิน 1 ชั้น มีพื้นที่ใช้สอยประมาณ 3,200 ตารางเมตร อาคารแห่งนี้สามารถจัดสรรพื้นที่เพื่อเป็นที่ทำการของหน่วยงานต่าง ๆ ของไทย ได้แก่ สำนักงานส่งเสริมการค้าระหว่างประเทศ สำนักงานเศรษฐกิจการลงทุน และสำนักงานฝ่ายการเกษตร นอกจากนี้ ในบริเวณดังกล่าวยังเป็นบ้านพักกงสุลใหญ่ฯ เป็นอาคารสูง 2 ชั้น พื้นที่ใช้สอย 1,300 ตารางเมตร 

                    หลังจากก่อสร้างแล้วเสร็จในเดือนมิถุนายน 2558 สถานกงสุลใหญ่ฯ ได้ย้ายที่ทำการมายังอาคารปัจจุบัน ในวันที่ 30 กันยายน 2558 และเมื่อวันที่ 11 เมษายน 2560 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงทำพิธีเปิดอาคารที่ทำการใหม่ของสถานกงสุลใหญ่ ณ นครเซี่ยงไฮ้อย่างเป็นทางการ